Hòn Chùa nằm ngoài khơi vùng biển Long Thuỷ, thuộc xã An Phú, TP.Tuy Hòa, tỉnh Phú Yên, cách bờ khoảng 7km.
Nhìn từ đất liền, đào như một tấm thảm xanh phủ trên mặt trên biển. Song đến gần lại thấy đảo được tạo nên bởi những tầng đá chồng lên nhau. Do đặc điểm đó, trên đảo không có cây lớn mà chỉ có những bụi cây thấp và những trảng cỏ trải dài. Đến đảo, ngoài thưởng thức món mực nang nổi tiếng của nơi này, du khách còn có thể ngắm những những bụi san hô nhiều màu sắc nằm trong khu vực biển đảo.